東京奪還編、開戦。謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー
