某一日，被称为“巨人”的体型格外巨大的怪物入侵了人类的世界，他们的破坏力是如此的巨大，以至于人来在极短的时间里便失去了大片的土地为了保护最后的生存家园，人类建造起了高墙，犹如被圈养般的生活在极有限的空间中，生活在无止尽的恐惧之中，这样一过就是一百年。艾伦（梶裕贵 配音）、三笠（石川由衣 饰）和阿尼（嶋村侑 饰）是生活在高墙之后的孩子们，艾伦痛恨调查兵团日渐懒散的作风，认为巨人有朝一日一定会向人类发起更猛烈的进攻。不幸的是，艾伦的预言实现了，超大型的巨人打破了墙壁，在人类最后的净土中肆虐。灾难过后，幸存的艾伦一行人加入了调查兵团，艾伦和三笠更是发誓要为死去的母亲报仇。